Organisatie
PROTOS heeft naast een kantoor in Gent ook regionale ondersteuningscellen. Het kantoor in Gent staat in voor het algemeen beleid, de coördinatie, de Noordwerking, en de ondersteuning van de Zuidwerking.
De regionale ondersteuningscellen begeleiden en ondersteunen de lokale activiteiten en partners. Tevens vertegenwoordigen ze PROTOS in de regio. Ze zetten lokale onderzoeks- of vormingsprojecten op en nemen deel aan nationale fora en beleidsbeïnvloeding.
De ondersteuningscellen bevinden zich in:
| Port au Prince | Regionale cel voor Haïti |
| Cotonou | Regionale cel voor Benin |
| Quito | Regionale cel voor Ecuador |
| Fort Portal | Regionale cel voor Oeganda en Noordoost-Kongo |
| Kigali | Regionale cel voor Rwanda, Burundi en Kivu |
| Mopti | Regionale cel voor Mali |
| Antananarivo | Regionale cel voor Madagaskar |


