In het Zuiden worden de projecten samen met gemeentebesturen, gebruikersorganisaties, boerenbewegingen en lokale NGO’s opgezet en uitgevoerd. Dankzij de (in de meeste gevallen) gezamenlijke verantwoordelijkheid, groeit er meer solidariteit tussen burgerorganisaties en lokale overheden. Door een jarenlange samenwerking versterken de partners en PROTOS bovendien hun expertise en positie.

Europese of lokale NGO’s met een sterke expertise op andere domeinen helpen de inzet van PROTOS voor water verbreden naar een integrale aanpak.

Ook een aantal strategische partners wordt actief betrokken bij het verfijnen van het beleid van PROTOS.

De structurele banden met de (publieke) drinkwatermaatschappijen in België worden belangrijker dankzij de financiële solidariteit en gedeelde technische expertise van die maatschappijen, en dankzij gezamenlijke communicatie. Ook een aantal private bedrijven stellen hun kennis en financiële bijdrage vrijwillig ter beschikking.

Verder is PROTOS actief in een aantal overlegstructuren in België en internationaal, zoals 11.11.11, Coprogram, Vlaams Overleg Duurzame Ontwikkeling, het Vlaams Partnerschap Water voor Ontwikkeling, Coalitie 2015 -  De Tijd Loopt, het Internationaal Secretariaat van het Water, Corporate Funding Programme, Ex-Change, KAURI, de werkgroep Water en Ontwikkeling binnen CNCD,...

Deze partnerschappen laten toe:

• inhoudelijk de eigen werking te verbeteren door uitwisseling van ervaringen en expertise.
• de impact van de acties in het Zuiden en in het Noorden te verhogen door een betere samenwerking en gezamenlijke beleidsbeïnvloeding op lokaal, nationaal en internationaal niveau.

	Coalitie 2015 -  De Tijd Loopt: In 2005 besloten 21 NGO’s van de Noord-Zuidbeweging gedurende de volgende 10 jaar de krachten te bundelen rond de Millenniumdoelstellingen. Vanuit één groot ontwikkelingsverhaal, en in een vernieuwde combinatie van onderlinge afstemming, taakverdeling en samenwerking willen ze komen tot het sensibiliseren van het brede publiek, tot een maatschappelijk draagvlak en tot een vergrote politieke slagkracht voor ontwikkelingssamenwerking. In 2010, halfweg de Millenniumperiode, is een reeks acties gepland om de status van dit wereldomvattend streven bij het brede publiek kenbaar te maken.
	Vlaams Partnerschap Water voor Ontwikkeling (VPWvO): Het VPWvO wil een Vlaamse bijdrage leveren tot het behalen van de Millenniumdoelstelling 7 rond drinkwater en sanitatie, door het promoten van samenwerkingsverbanden met solidaire financiering, overdracht van kennis en expertise, en communicatie over de gezamenlijk uitgevoerde waterprojecten als componenten van het partnerschap. ‘Water en ontwikkeling’ komen hierdoor ook hoger op de Vlaamse politieke agenda.
	Kauri: lerend netwerk en kenniscentrum dat de dialoog tussen bedrijven en NGO’s stimuleert rond de thema’s duurzame ontwikkeling, maatschappelijk verantwoord ondernemen en ethisch ondernemen.  De thematische Kauri-workshop rond duurzaamheidrapportering bijvoorbeeld was voor PROTOS een uitstekende inspiratiebron om naar een ‘integraal jaarverslag’ te evolueren.
	Corporate Funding Programme (CFP): dialoog en samenwerking tussen bedrijven en NGO’s met motivatie tot mecenaat van de bedrijven voor duurzame socio-economische ontwikkelingsprojecten in het Zuiden van de leden-NGO’s.
	VODO werkgroep klimaat: politieke actie die aanzet tot versnelde maatregelen tot ‘mitigatie’ en ‘adaptatie’ en met speciale aandacht voor de gevolgen van de klimaatsverandering op de ontwikkeling van het Zuiden.
<	CNCD Groupe Eau & Développement: politieke actie om water hoger op de Belgische politieke agenda te krijgen, drinkwater als recht in de grondwet te krijgen, en aan te zetten tot meer gedecentraliseerde solidaire financiering voor water in het Zuiden.
	11.11.11 - De koepel van de Vlaamse Noord-Zuidbeweging: gezamenlijke politieke actie rond ontwikkeling van het Zuiden en het sensibiliseren van het brede publiek voor eerlijker Noord-Zuidrelaties.
	Coprogram: de federatie van Vlaamse NGO’s. PROTOS is lid van de werkgroep ‘transparantie’, die werkt aan meer en betere communicatie over de vele goede acties die binnen de sector gebeuren.
	Alterfin: Alterfin is een coöperatieve vennootschap die haar maatschappelijk kapitaal, bijeengebracht door de aandeelhouders, investeert in microkredietinstellingen en verenigingen van fair trade producenten in Afrika, Azië en Latijns-Amerika. PROTOS is aandeelhouder van Alterfin.