De strategische thema’s van PROTOS vormen de rode draad in elk regionaal programma van PROTOS.  Zij vormen de kern voor de capaciteitsopbouw van lokale gemeenschappen en lokale besturen; dit is het belangrijkste resultaat dat wij nastreven naast de infrastructuurwerken.
Deze strategische thema’ zijn:

• Integraal Water Beheer als referentiekader;
• een meer-partijen-benadering;
• een sterke verantwoordelijkheid vanwege de watergebruikers;
• erkenning van het lokale bouwheerschap;
• synergie tussen drinkwater, hygiëne en sanitatie;
• aandacht voor institutionele opbouw voor duurzaamheid;
• water en gender